2D vagy 3D? A kétdimenziós szerkezeti képlet (balra) megmutatja, hogy melyik atom melyikkel kapcsolódik a molekulában, de az atomok térbeli helyzetérõl nem ad pontos képet. A háromdimenziós ábrázolás (jobbra) a molekulában lévõ atomok pontos (mért vagy számított) xyz térbeli koordinátáiból építi fel a molekulát a képernyõn.
A kétféle ábrázolásmód között úgy válthatunk, ha a képekre a jobb egérgombbal rákattintunk, és a menübõl a Render3D/Render2D sort választjuk.